La oscura historia no contada de Steins;Gate, que tiene como protagonista al excéntrico científico loco Okabe, que lucha por recuperarse de un intento fallido de rescatar a Kurisu. Decide rendirse y abandona su animado alter ego científico, en busca de olvidar el pasado. Cuando todo parece normal, se ve arrastrado de nuevo al pasado al encontrarse con un conocido de Kurisu, que le dice que han empezado a probar un dispositivo que almacena la memoria de un humano y crea una simulación de ellos con sus características y personalidades. Okabe comienza las pruebas y descubre que la simulación de Kurisu ha traído consigo angustias y algunas nuevas tragedias inesperadas. Zero es una historia secundaria que explora los acontecimientos del futuro del Campo Atractor Beta que contribuyen a hacer posible el final de la historia original.