La Tierra ha desarrollado un sistema de defensa contra los grandes meteoritos que están en curso de colisión con ella. Este sistema de protección se compone de los Comet Blasters basados en varias estaciones espaciales como 1ª línea de defensa, utilizando cabezas nucleares lanzadas por naves espaciales. La 2ª línea de defensa consiste en los Barredores de Meteoros que se lanzan desde bases aéreas en tierra utilizando aviones hipersónicos con misiles especiales para hacer frente a los restos resultantes de las explosiones. Mikaze es una chica problemática que es piloto en prácticas de un equipo de Meteor Sweeper que sueña con convertirse en un prestigioso piloto de Comet Blaster. Stratos 4 gira en torno a los retos de Mikaze y sus compañeros de equipo para convertirse en auténticos pilotos, mientras la Tierra se enfrenta a las amenazas que provienen del espacio.