El año es 2030. Seis meses pasaron desde que se resolvió el incidente del Hombre Riéndose. Cerca de 3 millones de refugiados viven en Japón, invitados a cubrir la escasez de mano de obra. Sin embargo, la presencia emergente de los refugiados invitados intensificó su confrontación con los «individualistas», que pidieron el aislamiento nacional, lo que condujo a la creciente incidencia de ataques terroristas. En estas circunstancias, un grupo terrorista llamado Individuo Once realiza un ataque suicida. Pero había un esquema mayor detrás de su acción. Cuando la sección 9 aprende esto, intentan clavar abajo el cerebro del incidente. Mientras tanto, Kuze, un miembro sobreviviente del Individual Once, se convierte en un líder carismático de los invitados-refugiados e intensifica la confrontación contra el gobierno. Y Motoko comienza a sentir una extraña sensación de destino conectándola con Kuze …