Ash, Pikachu y sus amigos tratan de detener a un par de ladrones que se esconden en los canales y callejones de Alto Mare, la antigua capital del agua. Al unirse a la aventura están dos nuevos legendarios Pokémon, un par de hermanos llamados Latias y Latios, que sirven como guardianes de la paz y protectores del Soul Dew – un tesoro invaluable con un poder misterioso.