La historia de la película comienza cuando Arata toca inadvertidamente «Hermes Apocrypha», Grimoire de Lilith. De repente, está envuelto por una luz blanca brillante, y una niña aparece ante él. Ella se llama Lilim, y trata tanto Arata como Lilith como sus padres. Al mismo tiempo aparece, algo cambia en el mundo. La biblioteca eterna prohibida despierta. En la Biblioteca se sella la última culminación de Alquimia, el Señor Blanco Demonio. El Señor del demonio blanco trampa para eliminar a Arata ya los Siete de la Trinidad para usurpar la posición de Señor Demonio. Bristling con un poder incalculable, el Señor Blanco Demonio ataca a Arata, y desencadena una crisis desesperada en la que Arata y la Trinidad Siete debe salvar al mundo en esta última batalla.