La historia de Gintama se sitúa en un Edo alternativo (actual Tokio), conquistado por alienígenas llamados Amanto, quienes prohíben el uso de espadas y debilitan a los samuráis. El protagonista, Gintoki Sakata, es un samurái excéntrico que termina formando el grupo “Yorozuya” junto a Shinpachi, un joven que lo admira, y Kagura, una chica alienígena con fuerza sobrehumana. Juntos trabajan como freelancers resolviendo diversos encargos. A lo largo de la serie interactúan con otros personajes importantes como el grupo policial Shinsengumi, el terrorista idealista Kotaro Katsura y el violento antagonista Shinsuke Takasugi. Aunque la historia principal se desarrolla gradualmente, también contiene sagas que se desvían del argumento central con frecuencia.